中药学专业自考科目的设置非常丰富多样。对于本科科目而言，包括具有重要历史背景的中国近现代史纲要和马克思主义基本原理概论，还有专业核心课程中药学、中药鉴定学、分析化学等。此外，药理学、中药制药工程原理与设备、药事管理学等也是必修的科目。英语作为一门关键的外语能力培养科目也在其中。在实践环节中，分析化学、药理学、中药制剂分析、有机化学、中药鉴定学等都需要进行实践操作。中成药学则深入研究中药的制备和应用。此外，还有中药文献学、医药市场营销学、中国医药史等课程。中药学毕业论文则是对学生综合能力的考核。
对于专科科目，所涵括的科目有思想道德修养与法律基础、毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论、有机化学、中药学、药用植物学、中药化学、中药药剂学、中药药理学、计算机应用基础等。此外，还有中医基础理论、方剂学、医古文等与中医相关的课程。实践环节中，学生需要进行中药炮制学、有机化学实验、中药化学等实践操作，以提高实际应用能力。
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