两者在毕业证情况上存在差异。自考本科的毕业证上会有明显的自考字样。毕竟，自考生需要具备相当的自学能力和自我约束力才能坚持学习并顺利毕业。这些能力正是企业所看重的。事实调查表明，绝大多数企业都乐意为自考生提供发展机会。相比之下，专升本和普通本科生的毕业证并无区别，但这并不影响自考本科学历的认可度。
报名条件也存在差异。普通高校专升本仅对统招专科大三学生开放，其他学生无法报考。而且报考专升本的考生只能选择与其专科阶段所学专业相关的本科专业，并且在院校选择上也受到一定的限制，通常只能报考本省内设有相关对口专业的高校，跨省报考是不被允许的。自考本科则没有对年龄、学历、种族、民族、居住地和身体健康状况等方面有特殊要求，只需在毕业前提交国家承认的专科学历证书。此外，考生可以自由选择自考本科的专业和院校。可见，自考本科的报名条件更为灵活，无论是在校学生还是社会人士都能轻松报读。
另外，两者的考取方式也存在差异。专升本设有入学考试，主要考核基础学科如语文、数学和英语等，相当于第二次高考。仅当考生达到一定标准，才有资格继续专升本的学习。然而，自考本科则没有入学考试，考生可以将精力直接专注于本科阶段的学习。自考本科的考核方式相对简单，不需要综合平时表现，只需参加各科目单科考试，合格即可获得相应科目的合格证书。只有所有科目都合格后，才能申请毕业并领取学历证书。
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