军队自学考试的毕业证书是由主考院校和军队高等教育自学考试委员会联合颁发的，取得毕业证书后，考生就有资格参加全国统一的研究生考试。然而，全军自考的档案管理存在一些缺点和不足之处。
首先，档案管理存在分散化和各自为政的现象。军队自学考试涉及的档案渠道较多，采取了分级分专业的独立管理方式。不同专业的考生档案由各专业独立管理，而每个专业又有不同的主考院校和考点等办考机构，这些机构在自学考试管理中会产生与工作职能相关的档案，这些档案又由各机构分别保管。在办考机构内部，人员变动频繁，导致档案需要在不同的电脑上查找，整个档案管理处于分散状态。这种分散管理不利于对档案信息资源的整合和管理。
其次，缺乏健全有效的档案管理运行机制和统一的管理制度。虽然各主考院校和考点都有自己的档案管理，但缺乏统一的档案管理制度，每个机构在收集档案内容、类别和时间节点等方面没有具体的统一规定和要求。这可能导致档案收集不全和管理质量不高的问题。
第三，缺乏专职专业化的档案管理员。军队自学考试中缺乏专职专业化的档案管理员，档案管理人员多为兼职且变动频繁，缺乏专业知识。这影响了档案的收集、整理和保管等环节的专业化水平，降低了档案的实用价值。
此外，缺乏有效的监督机制也是档案管理的一大短板。自学考试档案的收集和保管一直由各考试机构自行监控，缺乏监督机构和监督机制。对于档案管理的质量如何没有评估，各个环节把关不严，削弱了档案的服务效果。
最后，档案管理的信息化水平滞后。部分办考机构的档案管理还停留在手工方式，依靠手工归档和管理材料，这费时费力且效率低下。同时，人员频繁接触档案材料加速了档案的老化和磨损，这种落后的档案工作方式已经不适应信息化建设的要求。
综上所述，全军自学考试的档案管理存在分散化、缺乏统一制度、缺乏专职专业化档案管理员、缺乏有效监督机制和信息化水平滞后等缺点。在提高档案管理效能和保障档案实用价值方面，还需要进一步完善和改进。
