重庆南川区自考的科目安排涵盖了专业课和公共课。对于公共课来说，考试通常包括外语、政治以及其他选修课程。其中公共课的核心为《中国近代史纲要》、《马克思政治经济学》以及《英语二》等。此外，由于不同专业的要求不同，还存在着可供选择的换考课程。
公共课通常需要考3~5门左右的科目。其中，不论专业如何，必须考察的三门公共课为《中国近现代史纲要》、《马克思基本原理概论》以及《英语二》。针对理工类专业，还会增加如《高等数学》、《线性代数》等应用性科目的考试要求。而更加应用性质的专业，会开设《计算机应用基础》或《管理系统中的计算机应用》等课程。
公共课虽然与所学专业不一定直接相关，但它对于培养德智体全面发展的人才以及提供方法论的不可或缺。自考的专业课大约有8~10门左右。专业课的设置是由各个主考学校根据本校该专业教学要求而确定。以法律专业为例，专业课包括民法、刑法、商法、国际法等。
自考本科专业课是指直接与该专业知识和技能相关的基础课程。其中还有学位课程专业课和非学位课程专业课，学位课程专业课通常要求学位的平均分达到70或以上。部分专业的专业课分为必考课和选考课，必考课是必须须考的课程，而选考课则根据专业方向选择相关课程。
此外，自考还存在换考课程，即英语学习难度较大的考生可以选择多考几门其他课程替代英语二的学分。通常换考科目的数量为3~5门左右。
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