1. 学习方式迥异
全日制本科需要经历全国统一高考来获得入学资格，而自考本科只需在自考办进行报名即可入学。在学习期间，两者的考试方式也有所不同。全日制本科的考试由学校负责出题和评卷，而自考本科的部分课程则由省考试院出题和评卷。
2. 毕业要求有差异
全日制本科只需要修满学校规定的学分、完成毕业论文并通过论文答辩，就能毕业。基本上只要在校期间没有严重违规行为，就能顺利毕业。而自考本科的毕业要求则包括具备学信网可查到的专科前置学历、通过本专业考试计划规定的理论课程并获得合格成绩（及格分数为60分），以及完成该专业规定的实践性环节课程考核并达到合格标准。只有同时满足这些条件，才能在规定时间申请毕业。
3. 毕业证书的区别
全日制本科和自考本科的毕业证书上会有明显的区别。“自考本科”学生的毕业证书除了主考院校的印章外，还加盖了高等教育自学考试委员会的印章。然而，自考本科学历是国家承认的，并且与全日制本科的待遇没有太大差别。实际上，个人和单位对这两者的看法主要取决于个人和单位的立场，而政府机关通常会视二者具有相同的地位。
两者之间的联系
1. 根据《中华人民共和国高等教育法》，国家实行高等教育自学考试制度，经考试合格的学生将获得相应的学历证书。根据国务院颁布的《高等教育自学考试暂行条例》，高等教育自学考试毕业证书获得者的待遇与普通高校同类毕业生相同。
2. 根据高等教育自学考试暂行条例第三十一条规定，高等教育自学考试专科或本科毕业证书获得者，就业单位或其上级主管部门应根据工作需要，根据其所学和所长的原则对在职人员进行岗位调整。对于非在职人员（包括农民），省、自治区、直辖市的劳动人事部门应根据需求，在编制和增人指标的范围内有计划地选拔优秀人员录用或聘用。
