自考与二本本科之间存在一些区别。自考属于成人教育学历，属于非全日制；而二本本科则是统招学历，属于全日制。
首先，在学籍管理方面存在差异。自考考生只需在县区自考办或大学的继续教育学院报名即可获得考籍，而统招全日制本科则需要在报考院校报名后，学籍档案会备案在省教委处。
其次，考试时间也不同。自考由考试院、考办在每年的一、四、七、十月组织考试，允许重复报考，没有合格时间限制（除了本科学位申请有特殊要求的情况下）。而统招全日制本科则在每学期期末进行考试，不及格的学生可以参加补考。
参考形式也有所差异。全日制自考是以高等教育自学考试的形式进行，考生可以选择助学单位进行辅助学习。而统招全日制本科是通过正规的普通高考进入高校学习并获得大学学历的学生。
最后，考试及命题方式也存在不同。全日制自考由全国考委和省自考委员会合作出题，而统招全日制本科的科目设置分为统考课程和校考课程两类，统考课程由国家组织命题和考试，而校考课程则由学校进行命题和考试。
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