不同高校对自考本科毕业论文的查重率设定有所不同，既有要求不超过30%的，也有要求不超过20%的。此外，查重范围通常包括摘要、引言、正文和致谢等部分。尽管教育部目前没有对论文抄袭检测做出明确规定，但每个学校都有自己的一套抄袭率标准。因此，建议自考毕业生仔细了解所在学校的论文查重率要求，并在此基础上进行查重降重操作。
针对自考毕业论文答辩的程序，学员必须在答辩会举行前半个月，将导师审定并签署意见的毕业论文以及相关文档提交给答辩委员会。主答辩老师会先仔细研读论文，并准备提问。在答辩会上，学员有一定时间概述论文题目和选择该题目的原因，并详细介绍论文的主要论点、论据和写作体会。接着，主答辩老师提问，通常是三个问题。有些学校规定学生可以独立准备15至20分钟后作出回答，也有学校要求主答辩老师一次性提出三个问题，学员顺序回答。主答辩老师和其他答辩老师可根据学员的回答进行适当的插问。完成所有问题回答后，学员退场，答辩委员会根据论文质量和答辩情况商议是否通过，并给出成绩和评语。最后，学员被召回，主答辩老师会对论文和答辩过程加以小结，肯定学员的长处和优点，指出错误或不足之处，并提供必要的补充和指导，同时当面宣布是否通过。至于论文的成绩，通常不会立即宣布。
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