药学专业自考的科目因专业选择而有所不同，通常在12-16门左右，包括公共课、专业课和选考课。此外，本科还需要完成毕业论文。只要所有考试科目成绩合格，就可以申请毕业。
药学专业必考科目包括中国近现代史纲要、马克思主义基本原理概论、英语(二)、计算机应用基础、计算机应用基础实践考核、有机化学(五)、分子生物学、物理化学(二)、药理学(四)、药理学(四)实践考核、药物分析(三)、药物分析(三)实践考核、药物化学(二)、药物化学(二)实践考核、数理统计、药事管理学(二)、药用植物与生药学等。
自考学历的作用主要体现在工资待遇方面。非在职人员录用后，与普通高校毕业生享受相同的工资待遇；在职人员的工资待遇则低于普通高校毕业生，从获得毕业证书之日起，按普通高等学校毕业生的工资标准执行。
虽然其他非普通高等教育形式的毕业生获得国家承认的毕业证书后，只要符合职位要求的资格条件就可以报考，但自考本科学历的含金量仅次于统招生，具有绝对的优势，特别是在报考公务员方面。自考本科学历持有者在公务员考试中拥有绝对的优势，因为大多数公务员职位要求本科以上学历，专科部分只能争取基层和艰苦的工作岗位。
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